In de MKVToolnix toolset zit " mkvmerge GUI" hiermee kun je op simpele wijze subs toevoegen (en default maken) en eventueel verwijderen
http://www.bunkus.org/videotools/mkv...downloads.html
Op het input tabblad op de knop Add klikken
Dan zowel de srt als de mkv selecteren en laten toevoegen
Dan zul je onder tracks 4 (of meer) tracks tegen komen waaronder een video spoor een audio spoor, het engelse en het nederlandse sub spoor. verwijder de engelse en selecteer de nederlandse.
Op de track options kun je dan nog language netjes naar nederlands zetten de default trackflag op yes.
Pas de output filename aan zodat hij het orgineel niet overschrijft (soms geeft hij daar een extentie mks mee die je gewoon weer in mkv wijzigen) en klik op start muxing. 5 minuten later kun je met je eigen sub kijken