Ik volg je helemaal, maar ik heb dat ook al gezien met een mail-account die op een gehoste website wordt aangeboden met Roundcube als webclient en die ik in Outlook binnenhaal.
De reden zit hem niet in het ene, niet in het andere maar wel in het feit dat bepaalde configuraties van mailservers niet helemaal analoog zijn met de configuraties die je mailclient hanteert, welke dan ook ...
Je zegt niet waar je mail gehost wordt, hoeft ook niet, maar je mailserver hanteert dus duidelijk een 'Junk'-folder (engelstalig).
Je client - in jouw geval dus Thunderbird - heeft zijn eigen ideetjes en noemt dat 'Ongewenst' (nederlandstalig - dat is al meteen een eerste verschil).
De behandeling van mail om te bepalen of iets Junk is gebeurt op 2 niveau's : een eerste keer op de server, een tweede keer in je client of in je webmail ...
De mails die de server, door zijn instellingen en algoritmes, als ongewenst klasseert stopt hij in een map 'Junk'.
De server stuurt dan mails naar je Inbox en naar de map Junk.
Als dat binnenkomt in je client, bekijkt deze op zijn beurt alles wat binnenkomt opnieuw. Als je rules / regels hebt ingesteld om bepaalde afzenders als junk te bestempelen of als er generieke regels in je mailclient zitten (ik weet niet of Thunderbird zich installeert met zo'n algemene regels - ben Outlook gebruiker) dan klasseert hij die als ongewenst en stuurt die naar zijn folder 'Ongewenst' of 'Spam'.
Door het IMAP - syncroniseren krijg je dat dus moeilijk opgekuist.
Nu zijn er clients (vb. webclient van Roundcube) waar je 'aliassen' kan gebruiken. Als de server daar 'Junk' geeft kan je hernoemen naar 'Ongewenst' en dan zou dat als gevolg hebben dat de mails die de server in 'Junk' zet, bij het overbrengen naar een alias 'Ongewenst' gestuurd worden, waardoor ze dus allemaal, zowel server als client, in één en dezelfde map op je PC verschijnen, ook al staan ze bij de bron in 2 verschillende mappen.
Duidelijk ? Nu begrijp je het allicht, maar een oplossing heb ik je nog niet geboden - dat weet ik : ik kijk nog even verder ...