De clusters die door bestanden in gebruik zijn genomen heten allocated clusters. De clusters die (nog) niet door bestanden in gebruik zijn genomen heten unallocated clusters.
Als een nieuw bestand wordt gemaakt dan worden door het bestandssysteem een of meerdere unallocated clusters aan het bestand toegewezen. Deze blokken worden in het vervolg als allocated aangemerkt. De data van het bestand wordt vervolgens in de gereed staande cluster(s) ondergebracht.
Als het bestand later verwijderd wordt dan wordt het cluster waarin dat bestand staat weer vrijgegeven voor gebruik. Het cluster is op dat moment weer unallocated geworden. Dit neemt niet weg dat de data van het bestand nog gewoon in het cluster aanwezig is en blijft, totdat het wordt overschreven.
Als een bestand verwijdert wordt dan wordt de eerste letter van de bestandsnaam verandert in de hexadecimale waarde E5 (wat wordt weergegeven als het teken O met een trema (ascii teken voor de hexadecimale waarde E5). Daarnaast worden de door het bestand gebruikte clusters in de FAT tabel weer vrijgegeven door er de waarde nul in te plaatsen.
Als het volume weinig gefragmenteerd is dan is de data in een lange rij opgeslagen. Aan de hand van de lengte van het bestand, dat nog in de file entry staat, en het startcluster, is de data dan over het algemeen nog terug te halen.
