illegal character

Status
Niet open voor verdere reacties.

gera_licht

Nieuwe gebruiker
Lid geworden
8 mrt 2004
Berichten
2
Hoi allemaal,
Ik ben een beginner op het gebied van java. Ik ben bezig met een programmaatje, maar ik krijg een "illegal character: \154". Dit gebeurt vanaf de tweede "/**". Deze fout zit vaak meerdere keren in een zin en ik krijg 100 van deze fouten.

code:
import java.io.*;

import org.biojava.bio.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.seq.io.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;

/**
 * <p>Program to six-frame translate a nucleotide sequence</p>
 */

public class Hex {
  /**
   * Call this to get usage info, program terminates after call.
   */
  public static void help() {
    System.out.println(
        "usage: java utils.Hex <file> <format eg fasta> <dna|rna>");
    System.exit( -1);
  }

  public static void main(String[] args) throws Exception{
    if (args.length != 3) {
      help();
    }

    BufferedReader br = null;
    String format = args[1];
    String alpha = args[2];

    try {
      br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));

      SequenceIterator seqi =
          (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(format, alpha, br);

      //for each sequence
      while(seqi.hasNext()){
        Sequence seq = seqi.nextSequence();

        //for each frame
        for (int i = 0; i < 3; i++) {
          SymbolList prot;
          Sequence trans;

          //take the reading frame
          SymbolList syms = seq.subList(
                i+1,
                seq.length() - (seq.length() - i)%3);


          //if it is DNA transcribe it to RNA
          if(syms.getAlphabet() == DNATools.getDNA()){
            syms = RNATools.transcribe(syms);
          }

          //output forward translation to STDOUT
          prot = RNATools.translate(syms);
          trans = SequenceTools.createSequence(prot, "", seq.getName()+ "TranslationFrame: +"+i, Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
          SeqIOTools.writeFasta(System.out, trans);

          //output reverse frame translation to STDOUT
          syms = RNATools.reverseComplement(syms);
          prot = RNATools.translate(syms);
          trans = SequenceTools.createSequence(prot, "", seq.getName() + "TranslationFrame: -" + i, Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
          SeqIOTools.writeFasta(System.out, trans);
        }
      }
    }
    finally {
      if(br != null){
        br.close();
      }
    }
  }
}

En dit zijn een paar van de fout meldingen:
Hex.java:13: illegal character: \154
/**
^
Hex.java:16: illegal character: \154
public static void help() {
^
Hex.java:17: illegal character: \154
System.out.println(
^
Hex.java:17: illegal character: \154
System.out.println(
^
Hex.java:17: illegal character: \154
System.out.println(
^
Hex.java:18: illegal character: \154
"usage: java utils.Hex <file> <format eg fasta> <dna|rna>");
^
Hex.java:18: illegal character: \154
"usage: java utils.Hex <file> <format eg fasta> <dna|rna>");
^
Hex.java:18: illegal character: \154
"usage: java utils.Hex <file> <format eg fasta> <dna|rna>");
^

Graag jullie hulp hierbij. Ik gebruik trouwens kwrite van linux.
Gera
 
Het lijkt er wel gewoon goed uit te zien. Doet ie het wel als je het commentaar weghaalt?
 
Ik weet al wat er aan de hand was. Ik heb het vanuit html gekopieerd, en er waren een aantal blokjes voor de zinnen. Dat kon ik pas zien toen ik het programma opnieuw had geopend. Die heb ik weggehaald, en het programma doet het. Maar van harte bedankt.
Gera
 
Status
Niet open voor verdere reacties.
Terug
Bovenaan Onderaan