Om met XML te kunnen werken kan ik je de Xalan bibliotheken wel aanraden. Die kun je vinden op de Apache website.
Op dit moment zijn er verschillende bibliotheken te krijgen die met xml overweg kunnen. Van Xerces (parsed tag voor tag), door naar Xalan (parsed door de "boom" van tags) tot het hoogste niveau: JaxB waarmee je de xml onderdelen als objecten gaat behandelen ( XML Binding heet dat geloof ik).
In alle eerlijkheid heb ik met JaxB geen ervaring, dat heb ik van een collega gehoord die er mee bezig was. Met Xalan heb ik een applicatie geschreven en dat ging redelijk goed (in de zin van: de bibilotheek werkt prima, maar ooit is documentatie nog schaars).