FAT32
Met de komst van Windows 95 OSR2 kwam de clustergrootte wat meer op de achtergrond. Dit besturingssysteem kon namelijk ook werken met de opvolger van FAT16: FAT32. Het principe van dit systeem is grotendeels gelijk aan dat van FAT16, maar toch zijn er een aantal verschillen. De belangrijkste twee:
1 ) Kleinere clustergroottes
FAT32 heeft meer bits beschikbaar om het clusternummer in op te slaan.
Er zijn dus meer clusters beschikbaar, waardoor de clusters een stuk kleiner
kunnen zijn dan bij FAT16.
2 ) Ondersteuning van harde schijven tot 2 TB (= 2048 GB)
Mede door de beschikbaarheid van meer clusters is het nu mogelijk veel grotere harde schijven te gebruiken dan FAT16.
FAT32 is dus behalve ruimtebesparend ook nog eens foutbestendiger dan zijn voorganger.
De nadelen
Zoals vaak hebben dingen naast voordelen ook nadelen. Dit geldt ook voor FAT32. Het is bijvoorbeeld niet meer mogelijk om een schijf met het FAT32-bestandssysteem aan te spreken vanuit besturingssystemen die dit nog niet ondersteunen (DOS, Windows 3.x, Windows 95 orig, Windows NT).
Verder is het ook niet meer mogelijk om de FAT32-HD te comprimeren met DriveSpace / DoubleSpace.
Het Andere bestandssysteem.
NTFS
Na FAT is NTFS (New Technology File System) waarschijnlijk het meest gebruikte bestandssysteem. Het hoort bij Windows NT, en wordt vooral door bedrijven gebruikt.
Met de komst van het wat gebruiksvriendelijkere Windows 2000 en Windows XP wordt NTFS nu ook wat meer door particulieren gebruikt.
Het systeem neemt meer ruimte in dat FAT, aangezien het meerdere kopieën van de MFT
(Master File Table) bijhoudt om de kans op verlies van gegevens tot een minimum te beperken. Andere eigenschappen zijn Hot Fixing
(automatisch slechte sectoren detecteren en markeren) en een goede performance bij grote harde schijven.
Als laatste heeft NTFS ook nog eens goede security-opties.
Zo kunnen bepaalde bestanden of directories versleuteld worden zodat mensen waar de data niet
voor bedoeld is er ook niet bij kunnen.