Zoals ik al aangaf in mijn vorige antwoord: dotnet 'spreekt' ook SQL.
Overigens is .net een ontwikkelomgeving. Het is zo goed of slecht als wordt aangeleverd door de leverancier. In principe kun je direct interfacen met access via microsoft interne oplossingen, maar je kunt access ook aanspreken met SQL. Indien je voor de tweede route gaat is er geen wezenlijk verschil tussen access en MSSQL (of welke SQL database dan ook, oracle, mysql, postGRE, etc.). Beide worden benaderd via SQL. Indien de een vervangen wordt door de ander hoeft alleen de connectiestring aangepast te worden en zou het in principe 5 minuten later weer moeten werken. Natuurlijk gaat dat in de praktijk wel vaak fout, door slechte voorbereiding of andere omstandigheden, maar in principe hoef je je geen zorgen te maken "of het kan" met dotNET. Of de leverancier de juiste ondersteuning gaat leveren voor jullie specifieke situatie is natuurlijk een tweede vraag.