Ik ken er geen programma voor.
Wat bedoel je trouwens precies met de structuur van een database?
De tabellen met hun onderlinge relaties?
Alle componenten in een mdb?
Voor de tabellen zou ik het simpel oplossen. Even in het relaties venster zetten en dan een afdruk van dat venster maken. Hetzelfde doen in de andere mdb en dan even visueel vergelijken. Dat werkt prima als er niet teveel tabellen zijn.
In alle andere gevallen zou ik gaan programmeren. De definities die je wil vergelijken middels een stukje programma eruit wippen naar een ascii bestand en daarmee de vergelijking uitvoeren.