Eigenlijk is het heel simpel. Om gegevens op een harde schijf te stoppen, en veel belangrijker om het weer op te halen, moet er een bepaalde manier zijn om met die schijf te babbelen. Dit heet ene bestandssysteem (File System). Van oudsher zijn er voor Microsoft FAT (ook bekend als FAT16), FAT32 en NTFS. Dit is niets meer dan een afspraak over hoe de schijf is ingevuld.
FAT werkt door middel van een File Allocation Table. Hierin staat voor elk bestand waar het begint en waar de rest van het bestand te vinden is op de schijf. Deze File Allocation Table heeft een vaste positie op de harde schijf, zodat een besturingssysteem weet waar hij het vinden kan. FAT is naderhand uitgebreid van 16 bits naar 32 bits waardoor FAT32 is ontstaan.
NTFS is een bestandsysteem dat uitgevonden was voor Windows NT. Vandaar de naam NT File System. Daar NT een netwerk besturingssysteem is ondersteunt het een heleboel andere concepten zoals eigenaar en rechten voor/van bestanden. Allemaal niet belangrijk, want het gaat nu over het bestandssysteem. NTFS zoekt het begin van programma's op in de Master File Table, genaamd $MFT. En doet daarna hetzelfde spel als een FAT systeem.
Dat is in heel kort en simpel de werking en de verschillen hiertussen. Ik kan een zeer lang, zeer ingewikkeld verhaal maken hierover, maar zal dat maar niet doen.

Indien je specifieke vragen hebt, post ze maar.
B.t.w.: zoals je ziet in de werking van deze twee systemen, betekent het wel dat ze niet uitwisselbaar zijn. Je kan dus niet Windows XP opstarten met een opstartdiskette van Windows 95 en dan allerlei dingen gaan doen. W95 ondersteunt alleen FAT, en snapt hierdoor niets van NTFS. Als je een bestand wil openen gaat W95 kijken op de plaats waar de FAT zou moeten zijn en snapt er niets meer van. En er gebeurt dus verder niets.