Ik heb vanavond Waterfox eens geïnstalleerd en het volgende ontdekt:
Wanneer er een bestaand Firefox-profiel op de computer aanwezig is (opgeslagen in de map C:\Users\Gebruikersnaam\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox), wordt ditzelfde profiel door Waterfox gebruikt.
Wanneer het Firefox-profiel verwijderd wordt door de map C:\Users\Gebruikersnaam\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\ te verwijderen en je start daarna Waterfox op, wordt er een nieuw profiel gemaakt op exact dezelfde locatie, dus wederom in de submap
Firefox van de map C:\Users\Gebruikersnaam\AppData\Roaming\Mozilla\.
Op zich niet zo verrassend omdat Waterfox een afgeleide van Firefox is, maar je zou eigenlijk verwachten dat het profiel opgeslagen wordt in een map die ook Waterfox genoemd is.
Om te kunnen controleren of bovenstaande inderdaad op jouw PC ook van toepassing is, zou je het volgende kunnen proberen.
1. Ga in de Windows Verkennen naar de map C:\Users\(Gebruikersnaam)\AppData\Roaming\Mozilla\ en hernoem de submap Firefox naar Firefox.bak.
2. Start nu Waterfox op en je zult zien dat je je Bladwijzers en instellingen 'kwijt' bent. In de Verkenner is waarschijnlijk een nieuwe map met de naam Firefox gemaakt.
3. Sluit Waterfox af en verwijder de map Firefox (zónder .bak!).
4. Hernoem Firefox
.bak weer naar Firefox.
5. Start Waterfox opnieuw op en ontdek dat alles weer zo was als vroeger

.
Probeer het maar eens en ik ben benieuwd naar je bevindingen.
Op basis van mijn eigen bevindingen blijf ik er bij dat wanneer je in MozBackup kiest voor een backup van Firefox (profiles only) er een backup gemaakt wordt van je profiel van Waterfox.